中部空港の滑走路が一時閉鎖された影響で、那覇空港の発着便にも遅れや欠航が相次いだ。中部と那覇を結ぶ便だけでなく、県内離島や国際線にも欠航などの影響が出た。
全日空（ANA）の中部－那覇線1往復が欠航し、約300人に影響があった。ジェットスター・ジャパンの那覇－中部線1往復も欠航し、別の往復便は8時間以上遅れた。
日本トランスオーシャン航空（JTA）では運航状況の乱れで使用できる機体がなく、那覇－石垣線と那覇－久米島線のそれぞれ1往復が欠航し、約200人に影響が及んだ。
ピーチ・アビエーションでは那覇－台北線1往復が欠航し、計151人に影響が出た。滑走路封鎖の影響で、使用する予定の機体が中部空港を出発できなかったためだという。