前東京都知事の舛添要一氏が、ツイッター投稿で、新型コロナウイルスによる肺炎への日本政府の対応について、「感染症のような大問題が起こっても、霞ヶ関の縦割り行政の弊害は止まない。今回の新型肺炎に対する日本政府の対応の甘さも、それが一つの原因である」と指摘した。
「厚労大臣に権限を集中すべきである。新型インフルのときの教訓が全く活かされていない。加藤厚労相はもっと前面に出るべき」と求めた。
また別の投稿では「お友達内閣だと、官邸が危機管理に失敗すれば日本が総崩れになる」とツイート。「省庁の縄張り争いは問題だが、全大臣が首相の茶坊主になれば（安倍一強長期政権の弊害だ）、誰も日本を救えない」と指摘し、「感染症の指揮官は厚労大臣である。首相を立てるばかりではなく、厚労省全体が遠慮せずに前面に！」と記した。