３日朝に紀伊水道を震源とするマグニチュード５・４の地震が発生、震度５弱を観測した和歌山県御坊市では、市役所の窓ガラスが３０枚近く割れるなどの被害が出た。けが人の情報は入っていない。
同市役所では大きな横揺れが十数秒間続き、庁内にいた職員や市民らが床にしゃがみ込んだという。６０歳代の会社員男性は「『ドドドッ』という大きな音がし、一瞬何が起きたのかわからなかった。本当に怖かった」と話した。
市役所庁舎は、耐震診断で「震度６強～７の地震で倒壊の恐れがある」と判定され、新庁舎を建設中。市は「安全性を確認するまで庁舎内は危険」と判断し、市民や職員を一時庁舎外に待機させた。
地震の影響で、ＪＲ紀勢線の一部区間や南海電鉄の全線で一時運転を見合わせ、ダイヤに乱れが出た。