JR東日本山形支店は3日夜、山形県への大雨特別警報発表に伴い、山形新幹線の福島―新庄間の運転を4日昼ごろまで見合わせると発表した。3日も午後以降、終日運休にしていた。
一方、3日始発から盛岡―秋田間で運転を見合わせた秋田新幹線は、同日午後に運転を再開した。秋田では3日未明から昼ごろにかけて各地で大雨が降った。