１７日午後８時２０分頃、さいたま市見沼区大谷、市立小学校４年進藤遼佑君（９）の母親（４２）から「息子が英会話塾から帰ってこない」と１１０番があった。埼玉県警大宮東署員らが、進藤君が住む教職員向けの集合住宅付近を捜索し、１８日午前０時４０分頃、集合住宅の物置のようなスペース内で、進藤君が死亡しているのを発見した。
捜査関係者によると、進藤君の首に絞められたような痕があり、同署は殺害された疑いが強いとみて捜査している。
進藤君は、自室近くの共用部分の扉付きのスペース内で、座った状態で死亡していた。Ｔシャツと半ズボン姿で、靴は履いていなかった。現場の状況などから、同署は別の場所で殺害された後、運び込まれたとみている。
現場は東武野田線大和田駅から南東に約２キロの住宅街。進藤君は両親と３人暮らしで、帰宅した母親が進藤君の帰りが遅いことを心配して通報した。当時、父親（３２）は部屋にいたという。
進藤君と同じ４年生の息子がいる近所の女性（４０）によると、１７日午後９時半頃、小学校から市を通じて同学年の保護者に、進藤君の捜索に協力してほしいとのメールが送られてきた。進藤君について女性は「３年生の時は同じクラスで息子とよく遊んでいた。あいさつをすればしっかり返してくれる子。こんなことになるなんて信じられない」と話した。