インターネットカフェの営業自粛に伴い、寝泊まりする場所を失った人向けに東京都がホテルを無償提供する事業を巡り、都が滞在期限を延長したのに、新宿区が利用者に伝えていなかった問題で、同区の吉住健一区長は９日、「寄り添った対応ができず、おわび申し上げる」と陳謝するコメントを発表した。利用者に対し、宿泊料（１泊３５００円）を宿泊できなかった期間分、現金で支給する。
休業要請期間が長引いたため、都は５月２２日、滞在期限を３１日から６月７日に延長すると各自治体に通知。区は５月２９日、区の窓口を通じてホテルを利用した１７２人のうち、生活保護を申請していなかった９８人に対し、延長の事実には触れず、６月１日朝にチェックアウトし、生活相談の希望者は福祉事務所に来るように促す文書を配布した。
９８人は同日朝にホテルを出て、うち２１人が８日までに福祉事務所へ相談に訪れ、一部は区職員に促されてホテルに戻った。しかし残りの７７人はホテルを出たままで、一部は連絡先もわからないという。
区によると、ホテル退出前に福祉事務所に相談に来た利用者に対し、区職員が「生活保護を申請しなければホテル利用を延長できない」と説明していた事例も明らかになっており、区は一連の対応を検証するという。区生活福祉課の片岡丈人課長は「本当に困窮している人は事務所に相談に来ると考えており、相談に来た人にはホテルに戻れることを伝える運用にしていたが、全く違った対応になり不適切だった」と話した。