京都市交通局によると、１４日午前１０時ごろ、地下鉄東西線の御陵駅（京都市山科区）付近で線路が浸水した。
この影響で、地下鉄東西線は全線で運転を見合わせていたが、午後０時２０分に六地蔵（京都府宇治市）ー小野（山科区）駅間と蹴上（東山区）ー太秦天神川（右京区）駅間で折り返し運転を開始した。その後、午後５時すぎに全線で再開した。
御陵駅では、運転見合わせを知った利用客が駅員に再開の見通しを訪ねたり、携帯電話で連絡を取ったりする様子が見られた。
東西線と京津線が走る御陵駅は、地下３階構造。地下２階に両線の西向き、同３階に東向きが通り、京津線は地下の御陵駅から地上の京阪山科駅までの区間が途中から東に向かって坂道上に軌道が続く造りになっている。御陵駅は２０１３年９月にも台風１８号による影響で、トンネルに濁流が大量に流入し水没。東西線は４日間、京津線は１５日間にわたって運休・部分運休を余儀なくされた。