４日午前２時５５分頃、神戸市中央区の神戸港沖にある防波堤（長さ約１キロ、高さ約４メートル）に、水先案内人を運ぶパイロットボートが衝突したと、別の船から１１９番があった。ボートに乗っていた船員や水先案内人の男性５人（いずれも神戸市在住）のうち、船長ら２人が全身を強く打って死亡。３人が骨折などのけがを負った。
神戸海上保安部などの発表では、死亡したのは船長の山中和孝さん（５２）と水先案内人の山下勇人さん（７１）。けがは船員（５０）と、水先案内人２人（５５歳と７１歳）。全員海に投げ出されてはおらず、衝突の衝撃により船内で体をぶつけたとみられる。ボートは船首部分が激しく損傷していた。
ボートは内海交通（神戸市中央区）が所有する「ないかい」（全長１５メートル、１８トン）で、神戸港沖の外国船２隻に、入港を誘導する水先案内人を送るため、事故の数十分前に神戸港を出発していた。
同社によると、船長の山中さんは２００９年から勤務。これまでに事故を起こしたことはなく、今回の出港前の点検で山中さんの体調や船体に異常はなかったという。同保安部が事故原因を調べている。