ＪＲ九州は、２８日午後、西九州新幹線（武雄温泉―長崎）の沿線自治体に爆破予告メールが送られたとして、同日午後３時頃から運転を見合わせ、沿線５駅の駅構内からの乗降客の退避も求めたが、午後４時過ぎから運転を再開した。
長崎市によると、同日未明、「西九州新幹線の施設複数箇所に高性能な爆弾を仕掛けた。爆破時間は９月２８日水曜日の午後３時３４分」という内容のメールが送られたという。同市は、長崎県警に相談している。西九州新幹線は９月２３日に開業したばかり。