気象庁は２７日午前５時２９分に福岡県に、同５時５９分に長崎県、佐賀県、熊本県に気象防災速報（線状降水帯直前予測）をそれぞれ発表した。
福岡県筑後地方、長崎県南部、佐賀県南部、熊本県熊本地方ではそれぞれ、今後３時間以内に線状降水帯が発生し、非常に激しい雨が同じ場所で降り続く可能性が高まっているとしている。命に危険が及ぶ災害発生の危険度が急激に高まる恐れがある。
長崎県大村市付近では午前５時３０分までの１時間に約１１０ミリの降雨があったとみられるとして、同庁は記録的短時間大雨の気象防災速報も発表した。
これらに先立ち、福岡管区気象台は午前５時過ぎに九州北部地方の気象解説情報を発表。２７日から２８日にかけて前線が九州付近に停滞する見込みで、前線に向かって南から暖かく湿った空気が流れ込み、引き続き大気の状態が非常に不安定になるとしていた。
同気象台は、九州北部地方では２７日昼前にかけ低い土地の浸水、河川の増水や氾濫に警戒するよう呼びかけた。また、２８日夜遅くにかけて落雷や竜巻などの激しい突風、急な強い雨への注意も必要という。
熊本市は市全域において大雨による河川氾濫や土砂災害の危険性が高まったとして午前７時１５分、北区・南区・西区・東区・中央区の計３１万５４５６世帯、７４万８２２人に警戒レベル４の避難指示を発令した。
同市については気象庁が午前７時８分時点で、レベル４土砂災害危険警報とレベル４大雨危険警報を発表している。