九州地方を襲った豪雨は、１３日午後９時時点で死者が６８人、行方不明は１２人となった。熊本、大分両県の約６８００人に避難指示が出され、約２３００人が避難所に身を寄せている。九州全域で確認された床上浸水は約７２００棟、床下浸水も約６２００棟に上る。
熊本県は犠牲者６４人の死因や発見状況を公表。８割超の５２人の死因が溺死（疑いを含む）で、県は「想定を超える雨量で河川の水位が急速に上昇し、避難できなかった住民が多いのではないか」と分析している。
５２人の居住地は球磨村２２人、人吉市１９人、八代市３人、山鹿市２人、芦北町３人。居住地不明も３人いた。球磨川流域の犠牲者が目立った。
屋内で発見されたのは６割超の３３人。急激に浸水した住宅や施設内で避難できないまま死亡したとみられ、球磨村の特別養護老人ホーム「千寿園」で犠牲になった入所者１４人は、全員が溺死だった。海上や砂浜で見つかった７人も溺死かその疑いで、河川の氾濫で海まで流された可能性がある。
他の死因は、土砂崩れなどによる窒息死の疑いが６人、圧死が２人など。
一方、今回の豪雨では、熊本や福岡など１９県にある計１３７の小中高校などが、浸水や土砂流入などの被害を受けたことも文部科学省の調査で判明。１３日は九州各地で学校が再開されたが、２４人の死亡が確認された熊本県球磨村など一部の地域では休校が続いている。
文科省によると、１３日午後２時現在、九州で被害を受けた国公私立の学校施設は、福岡県で５８、熊本県２５、大分県１１、長崎、鹿児島県で各９など。長野、岐阜両県でもそれぞれ５施設が被害を受けた。学校別では小学校が６３、中学校が２８、高校が１７、大学が１５などだった。
低気圧と梅雨前線の影響で、西日本は１４日昼前にかけ、東日本では同日夜にかけて大雨となる見通しだ。前線は１９日まで本州付近に居座る見込みで、気象庁は「これまでの大雨で地盤が緩み、少しの雨でも災害が起こる恐れがある」として厳重な警戒を求めている。
１５日午後６時までの４８時間雨量は多い所で、東海で２５０～３５０ミリ、九州北部と四国で２００～２５０ミリ、北陸で１８０～２００ミリ、九州南部と中国地方、近畿、関東甲信で１５０～２００ミリなどと予想されている。